Когда Вы используете бесплатный доступ к РУКОНТЕКСТу, Вам доступен только минимальный набор коллекций работ. При проверке через систему Moodle используется полный набор коллекций, то есть Ваша работа сверяется с большим числом документов, а значит и процент оригинальности оказывается меньше. Дорабатывайте свой текст и отправляйте на проверку ещё раз.